W XIX w. więzienia lokowano w dawnych klasztorach wileńskich, w których więźniowie musieli wykonywać katorżniczą pracę. Jednak z czasem w związku ze zmianą systemu kar miejsca dla więźniów zaczęło brakować, toteż miasto potrzebowało nowego więzienia.
Nowy kompleks więzienny na Łukiszkach był nowoczesny i pełnił nie tylko funkcje związane z karą pozbawienia wolności, ale także z pracą, modlitwą, opieką zdrowotną i administracyjną. Pierwsi więźniowie pojawili się na Łukiszkach 26 czerwca 1904 roku. Więzienie nie straciło swojej funkcji ani podczas obu wojen światowych, ani w okresie sowieckim, ani po odzyskaniu niepodległości – ostatnich więźniów przeniesiono stąd dopiero w 2019 roku.
W kompleksie budynków na Łukiszkach więziono przestępców kryminalnych, więźniów politycznych i osoby, które uciekły z wygnania. Kiedy się przechodzi obok, wzrok przyciąga cerkiew św. Mikołaja Cudotwórcy. W tamtych czasach droga do naprawy opierała się na wierze, dlatego na cerkiew przeznaczono dużo miejsca, ozdobiono ją obrazami, dywanami i ikonami słynnych malarzy.
Do niedawna prawdopodobnie nikt nie chciałby dostać się do ogrodzonego budynku więziennego. Dziś jednak sytuacja się zmieniła. Pomieszczenia nieczynnego już więzienia przyciągają m.in. zagranicznych filmowców i twórców reklam – tu filmowano słynny serial Netflixa „Stranger Things”.