Для строительства символа крещения Литвы – Кафедрального собора – было выбрано особое место. Во времена Великого княжества Литовского русло Нерис проходило по нынешней улице Швянтарагё, а долина у слияния рек Нерис и Вильня тогда выглядела совершенно иначе. Здесь стояло главное литовское святилище Перкунаса (Перуна), горел вечный огонь, пылали погребальные костры великих князей литовских. Правда, историки с недоверием относятся к этим легендам и не могут прийти к единому мнению о дате постройки здесь католического храма – одни считают, что храм появился еще во времена короля Миндаугаса (Миндовга, 1195–1263), другие считают, что гораздо позже.
Кафедральный собор, одно из первых каменных строений в Литве, неоднократно менял свой облик, но в его подземельях до сих пор можно увидеть кладку XIV века. В Королевской крипте (усыпальнице) Кафедрального собора находили свой последний приют литовские правители, здесь сохранилось почерневшее от времени бревно, на котором веками стояли саркофаги великих князей литовских, позднее перемещенные в мавзолей. Подземелья Кафедрального собора хранят много тайн. Некоторые из них были выданы в 1931 году, когда после весеннего половодья пришлось приводить в порядок фундамент здания – тогда и были обнаружены останки великого князя литовского Александра Ягеллончика и жен короля польского Сигизмунда II Августа – Елизаветы Австрийской и Барбары Радзивилл.