«Милосердные братья» госпиталиты (бонифратры, от лат. boni fratres «добрые братья»), официально именующие себя орден госпиталитов св. Иоанна Божьего, были известны своим обетом служения болящим. Согласно легенде, монастырь был построен на месте захоронения мучеников-францисканцев. Некогда в монастыре размещалась мужская лечебница на 14 мест, в основном для психических больных. Таким образом, монастырь можно назвать родоначальником всех вильнюсских больниц. В качестве хирургов монахи нанимали цирюльников, умевших «отворять» (пускать) кровь (в те времена это был самый распространенный способ лечения всех болезней), а сами ухаживали за больными. Бонифратров недаром именовали госпиталитами, потому что госпиталем назывался дом, где бедные и больные люди могли получить помощь и уход.
Костёл Святого Креста также был известен своими целебными силами: рядом со входом бил родник, чья вода, как считалось, исцеляла глазные болезни. Лик Пресвятой Девы Марии Снежной на фасаде повторяет образ внутри костёла.